Las tierras sobre las que se asentó esta población eran parte de una extensión entregada en merced a Luis de Medina a fines del siglo XVI. Se conocía el fundo como "Estancia de San Luis" y su suelo fértil, fue motivo del asentamiento posterior.

Al abrir sus puertas una escuela pública, en 1870, al lugar se lo denomina “Los Aguilares”, nombre del más importante propietario de estas tierras: don Pedro de Aguilar.
En 1875, es zona de uso agrícola y desde 1883, el pequeño caserío es denominado villa. El plano definitivo de la Villa de Aguilares, de enero de 1889, firmado por el Ing. Modesto Sosa, tomo como límite este la estación ferroviaria, puesto que hacia el oeste era zona anegadiza.

La llegada en 1889 del primer convoy de pasajeros del ferrocarril “El Provincial” (línea La Madrid – San Miguel de Tucumán), estimuló las plantaciones de caña, y la actividad frutihortícola. La capilla se inauguro en el año 1894, y desde 1896 funciona un centro social, años después, el 25 de mayo de 1901 se delimita la plaza principal.

La notoria actividad desarrollada en escasas décadas, obligó que Aguilares se elevara a categoría de Ciudad el 23 de Diciembre de 1915 mediante ley provincial Nº 1276, siendo su primer intendente don Ramón Simón.

Entre la década de 1947 y 1980 se observa un gran crecimiento de la población que se expanden territorialmente en numerosos barrios que rebasan el límite de la línea ferroviaria hacia el oeste, y la Ruta Nacional 38 hacia el naciente.

Una nota que la caracteriza, otorgándole importancia entre todas las ciudades de la provincia, son sus avenidas, que enmarca el centro de la ciudad con las más importantes dependencias oficiales, bancos, instituciones educativas y plaza municipal.